肤色的差异是人类在迁徙的过程中，适应自然环境的结果。而这种差异的发生，从6万年前才开始。
首先，人类是没有皮毛保护的物种，为了防止太阳晒伤皮肤，必须在皮肤下沉积黑色素，因为黑色素可以抵挡紫外线。所以，你会发现不止在非洲，在印度南部和新几内亚等热带地区生活的人类，皮肤也很黑。严格意义上来讲，他们也属于黑人;
其次，人体内维生素D的合成，又需要一定的紫外线参与。所以人类要想生存，必须把黑色素维持在合适的水平上。所以在纬度较高的地区，由于紫外线减少，如果再维持高水平的黑色素抵挡紫外线，就无法保障充足维生素D的合成。如此，皮肤太黑的孩子会因为缺乏维生素D而无法生成健康的骨骼，慢慢被淘汰掉，只有皮肤没那么黑的孩子才能幸存下来。
从DNA的角度来看，涉及到肤色遗传的基因很多，其中最主要是黑皮质素1号受体(MC1R)。由于人类从炎热的非洲向其他地区迁徙，为了适应自然环境的变化，黑皮质素1号受体被迫发生突变，从而引起了人类肤色的变化，但是，这种变化的发生从6万年前才开始。
MC1R基因的位置
全球70多亿人口中，每一个男人和女人的线粒体DNA都来源于非洲，每一个男性的Y染色体也都源于非洲。除了肤色的区别外，非洲人和其他大洲的人类区别不大。
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